文章■项目文章|安诺Hi-C强势出手，破解着丝粒“黑盒子”( 二 )
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MajSAT RNA敲低组（右）的SAFB-GFP信号较对照组（左）更为弥散
研究者在此基础上进一步对两者协作调控异染色质凝聚的机制进行了探究 ， 并最终推断SAFB通过识别MajSAT RNA的结合motif形成了一种相分离（phase separation）模式 ， 并由此组织了PCH的高级结构 。 SAFB缺失后这种相分离在着丝粒周边减弱 ， 导致了H3K9me3和HP1α的解聚 。
SAFB缺失影响三维基因组结构
理解了SAFB调控异染色质的“招式” ， 研究者进一步推测SAFB缺失可能会影响整个染色质的三维结构 。 基于AML12细胞的Hi-C数据 ， 研究者发现Safb敲低后A/B compartments分布位置变化不大 ， 但compartments内部和之间的互作发生了一定程度的改变 ， 在SAFB缺失细胞中compartment scores都有显著下降 。 TAD分析显示 ， SAFB下降后TAD边界的强度普遍降低 ， 表明TAD结构发生了整体的弱化 ， 这与染色质的解聚一致 。 在B compartments中的TAD内互作降低更为明显 ， 可能是因为B compartments的染色质缩聚程度更高 ， 所受影响更大 。
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Safb敲低组与对照组部分交互矩阵及compartments、TAD等结果的展示
文章总结
这篇高分文章可谓是众多技术“群英荟萃”：通过免疫荧光成像来观察核内异染色质的变化情况 ， 利用Hi-C实现变化区域定位和全基因组变化评估 ， RIP-seq成功筛选出与SAFB互作的MajSAT RNA ， 又借一系列实验证明两者主导的相分离是异染色质组织的背后机制 。 将直观的实验结果与精准的生信分析相结合 ， 破解着丝粒“黑盒子”的复杂机制 ， 其中“运斤如风”的娴熟手法颇具学习意义~
安诺基因作为业内三维基因组测序技术的引领者 ， 自2015年初首次在国内推出动物群体Hi-C服务 ， 随后将人类染色体三维构象解析分辨率提升至1kb水平 ， 同年12月在国内首次推出植物Hi-C服务 。 5年来 ， 安诺Hi-C技术不断发展 ， 助力众多研究者取得丰硕的成果 。 作为服务提供方 ， 安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、复旦大学、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作 ， 相关研究成果已发表在Nature、Cell、Molecular Plant、Nature Plants、Nature Communications、Molecular Cell等国际高水平期刊 ， 累计IF 175.3 ， 平均IF 14.5 。
参考文献：
【文章■项目文章|安诺Hi-C强势出手，破解着丝粒“黑盒子”】[1] Huo X, Ji L, Zhang Y, et al. The Nuclear Matrix Protein SAFB Cooperates with Major Satellite RNAs to Stabilize Heterochromatin Architecture Partially through Phase Separation[J]. Mol Cell, 2020, 77(2): 368-383 e7.
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