华南海鲜测序分析：早期案例不都出于此，病毒源头或更复杂
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当地时间2020年3月27日 ， 悉尼大学生命与环境科学学院、医学科学学院爱德华·霍尔姆斯（Edward Holmes）教授和上海市公共卫生临床中心、复旦大学生命科学学院张永振教授联合在《细胞》（CELL）杂志上发表一篇评论“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2” 。
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该评论通过系统梳理目前所知的各项研究中关于新型冠状病毒出现的基因组数据后 ， 就现有成果总结认为：“从武汉华南海鲜市场上采集的‘环境样本’的基因组序列现已被获取 ， 据进化分析显示 ， 它们与从武汉最早的病人身上采集的病毒非常接近” 。 但霍尔姆斯教授和张永振教授同时指出 ， 由于“并非所有的早期COVID19案例都与该市场有关 ， 因此病毒源头可能比最初猜测的更复杂” 。 该评论认为 ， 尚不清楚样本是否来自经过市场的感染者还是源自该地点的动物 。 但对该市场目前已经缺少明显直接的动物采样 ， 这意味着做出判断将很困难 。
张永振教授团队是世界上最早发布新型冠状病毒全基因组序列的研究团队 。 在全球6000多种病毒中 ， 张永振团队就发现了2000多种 。 他所在的上海市公共卫生临床中心团队在2020年1月5日凌晨就从武汉华南海鲜市场的一名病人身上送检的标本中检测出一种全新的冠状病毒 ， 并通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列 。 并于1月11日发布 ， 团队在《病毒学组织》网站发布了所获得的新型冠状病毒全基因组序列 。
而另一位参与该文的学者、来自悉尼大学的霍尔姆斯教授则是一名进化病毒学方面的专家 ， 他致力于持续与中国和世界各地的科学家密切合作 ， 以解开引发COVID19的新型冠状病毒的遗传密码 ， 追溯它的起源 ， 从而帮助其他科学家寻找有效疫苗 。 他们的工作还将有助于监测和预防其它可能从野生动物传播到人类体内的病毒 ， 引发“人畜共通传染病” 。
目前为止 ， 霍尔姆斯已经与其他学者合著了四篇关于新型冠状病毒的论文 ， 其中包括两篇最早对这种病毒的描述（分别发表在《自然》和《柳叶刀》等杂志上） 。 这周 ， 他又发表了两篇新论文 。 《自然》杂志在经过同行评审后 ， 于本周四（3月26日）提前发表了其中一篇论文 ， 确认了一种来自中国南部地区马来亚穿山甲所携带的病毒与感染人类的冠状病毒类似 。 因此推论穿山甲可能是新出现的人类病毒的中间宿主 。 作者呼吁应禁止这些动物和其它动物在菜市场流通 ， 以防止人畜共通传染病传播给人类 。 管轶为该文通讯作者 ， 而霍尔姆斯教授是作者中唯一一位非中国籍的学者 。
就在上周 ， 《自然医学》杂志也发表了霍尔姆斯教授与加州拉荷亚Scripps研究所、爱丁堡大学等科学家们共同撰写的论文 。 该文通过对基因组数据的比较分析指出 ， 新型冠状病毒不是实验室产物 ， 也不是一种被故意操纵的病毒 ， 从而否认了那些认为新型冠状病毒是人造生物制剂的猜测 。 根据Altmetric公司的数据 ， 这篇论文迅速成为有史以来排名最高的学术研究 。 “这充分表明了全球对这一话题的关注”霍尔姆斯教授指出 。
最新这篇文章 ， 结合科学研究成果 ， 也结合时下很多认知进行了评点 ， 为学术研究和大众关切问题架起了一座桥梁 。 “了解新型冠状病毒转移到人类身上的进化途径 ， 不仅有助于我们对抗当前的疫情 ， 而且能帮助我们辨别来自其它物种的冠状病毒的威胁 。 该论文便是解决这一难题的重要组成部分 。 ”
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