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『』新冠最早测序者：去年12月前病毒或已在“隐秘传播”中突变( 二 )


这种插入可能增加病毒的传染性 ， 但在其他相关的β冠状病毒并不存在 。 类似的多碱基插入在其他人类冠状病毒中存在 ， 包括HCoV-HKU1 ， 以及在禽流感病毒的高致病性毒株中也存在 。
此外 ， 新冠病毒和RaTG13的受体结合域（RBD）也只有85%的相似性 ， 并且在6个关键氨基酸残基中只有一个是相同的 。 序列和结构的比较表明 ， 新冠病毒的RBD非常适合与人类ACE2受体结合 ， SARS-CoV也利用了该受体 。
值得注意的是 ， 由霍尔姆斯参与的另一项最近发表在预印本网站bioRxiv上的研究显示 ， 中国科学院西双版纳热带植物园去年在云南的马来菊头蝠中采集到的粪便样本中新发现了一种蝙蝠冠状病毒（RmYN02） 。 RmYN02中也观察到S1/S2裂解位点PAA氨基酸的独立插入 。
作者们认为 ， 这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化 。 虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异（序列相似性大约72%） ， 但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近（核苷酸序列相似性大约97%） 。
【『』新冠最早测序者：去年12月前病毒或已在“隐秘传播”中突变】张永振等人表示 ， 虽然SARS-CoV和MERS-CoV都与新冠病毒密切相关 ， 并且都有蝙蝠宿主 ， 但是这些病毒之间的生物学差异是惊人的 。 “如上所述 ， 新冠病毒的传染性明显更强 ， 导致它与SARS-CoV和MERS-CoV的流行病学动态非常不同 。 ”
在SARS-CoV和MERS-CoV两种病毒中 ， 病例数相对缓慢上升 ， MERS-CoV至今还没有能够完全适应在人类中传播：大多数病例都是由于病毒来源于阿拉伯半岛上的骆驼 ， 并只有零星的人际传播 。 “相比之下 ， 新冠病毒在当地和全球范围内的显著传播却让人大吃一惊 。 确定支持这种传播性的病毒学特征显然是一个优先事项 。 ”
武汉华南海鲜市场的起源不确定性：几年前探访过市场
此前的观察显示 ， 第一批报告的COVID-19病例和武汉的华南海鲜野生动物市场有关联 。 值得一提的是 ， 张永振、霍尔姆斯等人曾在2014年亲身探访过该市场 ， 霍尔姆斯提供的一张照片显示 ， 当时该市场即出售野生动物 。
『』新冠最早测序者：去年12月前病毒或已在“隐秘传播”中突变
文章图片

该照片由Edward C. Holmes提供 ， 拍摄于2014年10月 ， 当时两位作者一起参观了市场 。
他们在文章中提到 ， 在此次疫情暴发的时候那里仍然可以买到多种哺乳动物 。 然而 ， 由于并非所有的早期案例都与市场有关 ， 新冠病毒出现的故事可能比最初推测的更为复杂 。
中国疾控中心此前获得了来自该市场“环境样本”（比如物体表面）的基因组序列 。 系统发育分析表明 ， 它们与从武汉最早的病人身上采集的病毒密切相关 。
张永振等人表示 ， 虽然这再次表明 ， 华南海鲜市场在病毒出现中发挥了重要作用 ， 但很难明确这些环境样本中的病毒来自该市场的动物还是当时已在无意中传播的人 。 “不幸的是 ， 随着市场的关闭 ， 目前明显缺乏直接的动物样本 ， 这可能意味着很难、甚至不可能准确地识别出任何动物宿主 。 ”
他们将COVID-19的出现和迅速传播称为“一场‘完美’的流行病学风暴” 。 这种具有相对高毒力的呼吸道病原体 ， 具有跨越物种界限的不寻常本领 。 “事实上 ， 流行病学建模表明 ， 新冠病毒在武汉封城之前就已经在中国广泛传播 。 ”
蝙蝠无疑是多种冠状病毒的重要宿主物种 。 尽管如此 ， 蝙蝠在新冠病毒人畜共患病起源中的确切作用仍未确定 。 特别是 ， 与新冠病毒关系最密切的蝙蝠病毒是从距离武汉1500多公里的云南省的动物身上取样获得 。 而来自湖北省的蝙蝠冠状病毒相对较少 ， 其中已经测序的一些病毒与新冠病毒在系统发育树中位置相对较远 。
作者们写道：由此得出的简单推论是 ， 我们对蝙蝠病毒采样的时候对某些地理位置有强烈的偏见 。 这需要在今后的研究中加以纠正 。
此外 ， 尽管96%-97%的序列相似性听起来像上述一些蝙蝠病毒和新冠病毒密切相关 ， 但事实上这可能代表了20多年的序列进化 。 因此 ， 几乎可以肯定的是 ， 更多的采样将确定更多的与新冠病毒关系更近的蝙蝠病毒 。
他们强调 ， 在未来新冠病毒溯源过程中的一个关键的问题是 ， 来源于蝙蝠或任何其他动物物种的病毒 ， 是否包含在新冠病毒中发现的关键的RBD突变和相同的弗林酶切位点插入 。
除了蝙蝠之外 ， 科学家也要重视中间宿主的作用 。 尽管蝙蝠可能是这种病毒的宿主 ， 但它们与人类之间普遍的生态隔离使得其他哺乳动物作为“中间宿主”或“放大宿主”成为可能 。 在中间宿主中 ， 新冠病毒能够获得部分或全部有效的人类传播所需的突变 。 在SARS和MERS事件中 ， 果子狸和骆驼分别扮演这样的角色 。
他们认为 ， 为了确定中间宿主可能是什么 ， 有必要对来自华南海鲜市场或生活在接近人群的动物进行更广泛的采样 。
香港大学公共卫生学院新发传染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大学胡艳玲教授的团队最近的研究成果显示 ， 他们在走私到中国南部（广东和广西）的马来亚穿山甲中发现了与新冠病毒密切相关的病毒 。 “它们携带着一种和新冠病毒相关的病毒 ， 这强烈表明 ， 更多样的β冠状病毒存在于大自然的多种哺乳动物中 ， 但尚未取样发现 。 ”张永振等人表示 。


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