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『新型冠状病毒』新冠基因组变异分析不支持华南海鲜市场是源头，零号病人待解( 二 )


作者们认为 ， 可能的情况是 ， 华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方传播过来 ， 或者至少华南海鲜市场不是新冠病毒的原始来源 。 有可能是受感染的人将新冠病毒传染给了市场的工作人员 ， 然后在市场上迅速传播 。 拥挤的市场增加了新冠病毒对去过该市场人群的传播 ， 并于2019年12月初传播到整个城市 ， 这与估计的种群扩张时间相一致 。
而祖先单倍型H38的样品来自美国华盛顿州的病患（美国首例） ， 该患者于1月15日结束武汉探亲回到华盛顿州 。
研究团队认为 ， 现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型 ， 可能是因为现有样品主要采自几家定点医院 ， 而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日 。 如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型 ， 将对于寻找病毒来源非常有帮助 。
扩散病例至少来自3个途径
将58种单倍型分成了五组后分析显示 ， 广东的病毒可能有三个来源 ， 重庆和台湾的病毒有两个来源 。
在中国的54个样本中 ， 重庆3个样本、广东18个样本、湖北22个样本、台湾2个样本、浙江4个样本 ， 其他5个省份有1个样本 。
武汉2019年12月24日至2020年1月5日的样本编码了13种单倍型 ， 属于C类和B类 。 这些关系表明 ， 新冠病毒在武汉的传播处于早期阶段 。 H1和H3是湖北以外地区单倍型的祖先 。
从2020年1月10日至1月23日采集的18个广东样本 ， 编码了15种单倍型 ， 属于A、C、E组 ， 表明有多个来源输入广东 。 三个单倍型(H14、H15、H17)可能在本地演化,表明新冠病毒最初蔓延到深圳时即发生了人际传播 。 来自台湾的两个样本编码H3和H24 ， 分别属于B组和D组,重庆的三个样品编码H1、H40和H45 ， 分别属于B组和C组 ， 显示这两个省或地区输入了两种来源 。 C组4个浙江的4个样本编码H1、H24 ， 属于C组 ， 显示仅从H1单倍型来源输入 。
中国境外总的样本编码了31种A-E组的单倍型 。 其中 ， 2个来自泰国的样本是H1单倍型 ， 分别来自澳大利亚和比利时的1个样本是H3单倍型 ， 1个来自美国的样本是H19单倍型 ， 1个来自新加坡的样本是H40单倍型 。
来自亚洲5个国家的12个样本编码了10个单倍型 ， 7个和武汉有关 ， 3个和深圳有关 。 在日本东京 ， 人际传播可能发生到H53单倍型患者到H52单倍型患者身上 ， 患者此前从武汉撤回日本 。
澳大利亚患者的5个样本分别编码B、C和D组的6个单倍型 ， 均与武汉有关 。 病例（H3）、病例（H25、H26）、病例（H55,和H1有关）直接来自武汉 ， H25到H26发生了人际传播 ， 来自昆士兰同一旅游团 。 H56患者与H27患者之间的联系不明确 ， 因为H56患者于1月25日从武汉飞往悉尼 ， H27患者于1月15日从武汉飞往墨尔本 。
一种可能是有一个中间传播者 ， 他也传播了新冠病毒 ， 并且传染给了法国、美国和中国台湾的其他病人 。
8个欧洲样本编码了7个单倍型 ， 来自四个国家的病人 。 比利时和德国的患者均有武汉旅行史 。 英国的患者没有报告与武汉有关 ， 但有发现从H28到H29的家族性传播 。 法国的患者可能是通过三种不同的途径感染 ， 即与武汉有关的H44、与重庆或新加坡有关的H43 ， 以及与中间传播者有关的H30 。
来自美国的13个样本中 ， 有3个来自华盛顿的同一名患者 ， 编码了相同的单倍型H38 ， 另外3个样本编码了8个单倍型 ， 覆盖了A-E 5组 ， 因此输入性感染的来源很复杂 。 3个单倍型(H1、H19、H38)与武汉相关 ， 3个(H19、H35、H42)与5个(H41、H58)可能与广东相关 。 其余的单倍型（H36、H37、H57)与非中国患者(H54 ， 越南；H56 ， 澳大利亚)有关 ， 这两例患者来自武汉 。
总体来看 ， 广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播 。 有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国 ， 他们的患者感染源至少有两个 ， 尤其是美国包括了五个来源 。
非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型 ， 它同时是澳大利亚、法国和美国 ， 以及我国台湾患者的传染源 。 其他国家患者因为样品比较少 ， 大多数的来源比较单一 ， 他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外 ， 有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染 。


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