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『SARS-CoV-』5日全球累计确诊逾357.5万例 新冠病毒传播初期已高度适应人类( 二 )


『SARS-CoV-』5日全球累计确诊逾357.5万例 新冠病毒传播初期已高度适应人类
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SARS-CoV和SARS-CoV-2遗传差异的比较 ， 在同样的时间范围内 ， SARS-CoV-2（红色）的遗传多样性比早期到中期SARS-CoV（蓝色）的少 。
此前对SARS-CoV的研究表明 ， 在早期和中期传播阶段 ， SARS-CoV受到的选择压力（又称为进化压力 ， 指外界施与一个生物进化过程的压力）最大 ， 并在流行晚期时选择压力减弱 。 在从蝙蝠、果子狸传播到人类以及接下来的人际传播的过程中 ， 一系列适应活动使病毒具有高度传染性 ， 这一高传染性主导了其晚期流行阶段 。
非同义和同义替代率（dN和dS）通常用于模拟病毒S蛋白（在病毒入侵人体时与宿主受体结合并影响宿主特异性）等基因经历的选择压力 。 研究人员在2020年1月、2月和3月每个月从不同的地理位置采样50个SARS-CoV-2基因组 ， 他们发现对于病毒S蛋白、Orf3a和Orf1a基因而言 ， 新冠病毒中的dN和dS与SARS-CoV晚期流行时的情况更相似 。


『SARS-CoV-』5日全球累计确诊逾357.5万例 新冠病毒传播初期已高度适应人类
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流行早期至中期的SARS-CoV、流行晚期的SARS-CoV以及2020年1月至3月的SARS-CoV-2样本中S蛋白等基因的dN和dS对比情况
这些研究结果意味着 ， SARS-CoV-2在暴发之初就已经高度适应于人类 ， 并表现出极强的传播能力 。
研究人员还表示 ， 在人类和动物中 ， 一种更早期的、适应性较差的共同祖病毒尚未被找到 ， 其前体或分支也是缺失的 。 这表明该病毒以一种高人类适应性的形式进入人类社会 ， 这也意味着在不久的将来再次出现SARS-CoV-2的风险较高 ， 且其后果可能较严重 。
自然界进化可能使新冠病毒与多物种结合 ， 应扩大采样范围
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迄今为止 ， 研究人员仍不确定新冠病毒的中间宿主是什么 。 此前的研究发现 ， 与SARS-CoV-2关系最密切的冠状病毒是蝙蝠冠状病毒RaTG13 ， 而从马来西亚穿山甲中分离出的一种冠状病毒的遗传序列与SARS-CoV-2有高达91%的同源性 ， 因此 ， 研究人员认为 ， 就目前而言 ， 蝙蝠是新冠病毒起源、穿山甲是中间宿主的可能性较大 。
此外 ， 研究人员指出 ， 新冠病毒的S蛋白有可能在蝙蝠或多种中间宿主中自然进化出其广泛的物种向性 ， 即它可能与多物种的受体结合 。
此前有研究预测 ， SARS-CoV-2的S蛋白可能与100多种不同物种的ACE2（血管紧张素转化酶2 ， 新冠病毒的人类受体）结合 ， 并且比SARS-CoV对于蝙蝠和人类ACE2的结合性都强 。
因此 ， 尽管尚未发现蝙蝠冠状病毒具有SARS-CoV-2样的S蛋白RBD（受体结合域） ， 但新冠病毒很可能在自然界中进化 ， 并且可以以最佳水平与不同物种的同一受体结合 。 研究人员建议 ，
应从更多物种中进行冠状病毒采样 ， 从而更好地掌握携带与SARS-CoV-2相似的RBD的冠状病毒的物种范围 ， 明确其中间宿主
。
为了寻找有关新冠病毒中间宿主的线索 ， 研究人员还分析了有关SARS-CoV-2如何进化和适应人类传播的最新发现 ， 并研究了武汉华南海鲜市场的环境样本 。
结果表明 ， 2020年1月份在市场发现的病毒分离株不太可能起源于中间动物宿主 ， 而是最有可能来自被SARS-CoV-2感染的人 ， 他们可能是市场里的卖家或顾客 。
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为了追踪新冠病毒祖先病毒株 ， 找出其中间宿主 ， 研究人员提出了以下建议：


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