埃尔法哥哥Bionumerics软件的多位点VNTR分析( 二 )
大量的分析工具
所得的VNTR信息存储在整型字符集中 ， 其中每个VNTR代表一个字符 。 VNTR数据可以分析为分类字符（每个不同的拷贝号是不同的等位基因）或定量字符 。 在后一种情况下 ， 拷贝数之间的差异越大 ， 则认为生物就越不相关 。 可以使用当今可用的最精细和最全面的聚类分析应用程序 ， 以微观进化标准作为优先级规则并显示分支重要性支持指标 ， 来计算人口建模网络 。 已经证明 ， 将最小生成树算法应用于BioNumerics中的VNTR数据对于细菌种群的流行病学研究和种群遗传学具有不可估量的价值 。
Bionumerics7.5版本中对MLVA的升级
【埃尔法哥哥Bionumerics软件的多位点VNTR分析】通过与客户的紧密合作 ， 我们对MLVA插件进行了完全重新设计 ， 以与“曲线处理”窗口无缝集成 ， “曲线处理”窗口是在7.0版中引入的专用电泳图处理环境 。 因此有了更灵活的设置和改进的工作流程 ， 从而可以更快 ， 更准确地确定VNTR拷贝数 。
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每个数据库轻松设置一个或多个MLVA分析框架
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与以前的实现相反 ， 同一数据库中可以使用多个MLVA分析框架 。 例如 ， 当数据库结合了几个物种的分离株 ， 并且每个物种都有自己的MLVA框架时 ， 这是很有用的 。
新的MLVA管理窗口可直接访问所有相关的MLVA设置 。 基于每个VNTR的重复长度、容忍度和偏移 ， 每个MLVA分析框架都有其理论上的VNTR预测 。 此外 ， MLVA分析框架可以具有一个或多个自定义映射 ， 以适应确定片段大小中的偏差 。 可以通过基于标准化曲线的拖放位置来调整自定义映射 。 对于使用多个毛细管测序仪的实验室 ， 可以选择定义多种机器类型 。
完整的MLVA分析框架可以通过XML文件的导入/导出轻松地进行交换 。这样可以确保不同数据库和使用同一生物的不同研究人员之间的一致性 。
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基于MLVA的分型
与MLST类似 ， 分配类型可以极大地促进交流 ， 例如在流行病学研究中 。 可以基于VNTR的完整集或任何子集来分配MLVA类型和克隆复合体 。
为了促进使用统一和稳定的命名法 ， 可以从外部文件或URL导入MLVA类型并使其同步 。
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处理双重VNTR分配
在临床样品或某些生物中 ， 观察到双重VNTR等位基因的存在 。 新的MLVA插件可让您进行此类双重VNTR分配 。
在比较和相似度计算中 ， 通过字符映射相似度矩阵处理双重分配 ， 这是可以由用户来自定义 。
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增强了电泳图的导入和处理
在BioNumerics 7.6版中 ， 电泳图的导入已集成在常规的导入功能中 ， 从而使其更简便 ， 更灵活 。
引入了“曲线处理”窗口中的微小但明显的增强功能 ， 毫无疑问 ， MLVA用户将从中受益 。 包括分别用于大小marker和样品的不同组的条带搜索参数 ， 以及选择/取消选择峰的简便方法 。
以上资料由BioNumerics中国区官方授权总经销商“北京金云台信息技术有限公司”独家提供,如需转载请主动标明出处 。
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