由于缺粮 ， 清军被迫从伊犁撤军 ， 留驻的500名清军根本无法应付突发事件 ， 以至阿睦尔撒纳叛乱以后 ， 形势急剧恶化 。又如 ， 利用招抚 ， 分化瓦解敌人 ， 本来是清军在对准战争中的一条成功经验 ， 在第一次进军伊犁时 ， 乾隆帝充分利用阿睦尔撒纳在准噶尔部的影响 ， 让其率领旧部先行 ， 进军异常顺利 。
但在第二次进军伊犁中 ， 他却改变了分化敌人的策略 ， 乾隆二十一年（1756年）冬 ， 由于辉特汗巴雅尔等人叛乱和巴里坤办事大臣和起被害 ， 乾隆帝降旨严行惩治：“厄鲁特等似此辜恩背叛 ， 必应尽行剿灭 。”甚至对尚无叛迹的和硕特汗沙克都尔曼济 ， 也密谕雅尔哈善：“倘稍有可疑 ， 亦当乘其不备 ， 先行剿灭 。”这样 ， 一方面造成了滥杀无辜的错误 ， 一方面把许多处于中间状态的群众推到了叛军营垒 ， 增加了平叛的困难 。
经乾隆帝的两次用兵 ， 准噶尔部被彻底平定 ， 天山北路统一于祖国 。乾隆帝的两次用兵 ， 对准噶尔部采取了不同的政策 。前次出兵 ， 以抚为主 。后次进军 ， 因准噶尔部降而复叛 ， 则以剿为主 ， 甚至诛杀降人 ， 加之天花流行 ， 准噶尔部人口受到很大损失 。
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