因此，在这种情况下，各陵墓室不会被人盗掘。明朝灭亡之际，李自成农民起义军从关沟和德胜口沟进入昌平，由于他们急于攻打昌平城，并进而攻取北京城，推翻明朝统治，所以，起义军仅防火烧了定陵的裬恩殿、祾恩门、左右配殿和康昭二陵的明楼，并没有对十三陵进行盗掘和大规模的破坏。
清朝时，朝廷对明代陵寝也采取了保护措施。终清之世，明十三陵各陵均设有若干陵户，负责巡查保护陵园。从顺治元年(1644年)到乾隆二十二年(1757年)间，各陵还设有守陵太监(又称司香内使)。雍正二年(1724年)又封朱元璋第十三子代简王后裔，正定府知府朱之琏为一等候，令其世世代代负责明陵的祭祀及管理事宜。
【 帝陵|中国古代帝陵，只有明代帝陵保存完好，和风水有关系？】清朝灭亡后，国民政府将明十三陵作为古物管理，早期沿用清代管理方式，后裁革陵户，改设明陵警察所对十三陵进行保护。由于明清两朝及民国年间都对十三陵采取了必要的保护措施，所以，天寿山陵区内设置比较集中的前十二陵都免遭了被盗掘的命运。
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