国子博士李宜之、御史中丞李定推波助澜，他们历数苏轼的罪行，声称必须因其无礼于朝廷而斩首。
李定举了苏轼当处极刑四项理由：初无学术，滥得时名，偶中异科，遂叨儒馆；急获高位不得而讥讪权要；皇帝对他宽容希望改过自新却拒不从命；所写诗之荒谬浅薄，但对全国影响甚大。
才高八斗、少年得志的苏学士，受到这样四个指控，真让人啼笑皆非。但是急于立威的神宗，不顾奶奶、妈妈甚至老婆对苏轼的喜爱，铁了心要把苏轼当靶子打。
苏轼好友驸马王诜，听到消息赶紧派人去南京给苏辙送信，苏辙立刻派人去告诉苏轼。朝廷派出的钦差皇甫遵到湖州时，苏轼以为会被赐死，求乞能与家人诀别，皇甫遵淡然道：“不至于此。”打开公文是份普通公文，不过是以苏轼以诗文讪谤朝廷，传唤进京而已，并要苏轼立即启程。
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苏轼途经扬州江面和太湖时，怕他的案子会牵连好多朋友，想跳水自杀，又怕自杀会给弟弟招致麻烦。家里烧了他大部分与友人的通信和手稿，家人到了安徽宿县，御史台又派人搜查他们的行李，找苏轼的诗，书信和别的文件，最后手稿残存者不过三分之一。
苏轼七月二十八日被逮捕，八月十八日送进御史台的监狱，二十日被正式提讯，二十八日几句诗都做了交代。
李定向神宗报告苏轼承认全部弹劾，神宗大怒，怀疑苏轼要么是受刑不过，要么是有更大的秘密要隐藏。于是问李定可曾用刑，李定答道:“苏轼名高当时，辞能惑众为避人言，不敢用刑。”神宗大怒，命御史台严加审查，一定要查出所有人。
到九月份，御史台已从四面八方抄获了苏轼寄赠他人的大量诗词。有一百多首在审问时呈阅，有三十九人受到牵连，其中官位较高的是司马光。王安石罢相的次年（1077年），苏轼寄赠司马光一首《独乐园》说四海苍生望司马光执政，以讥讽现任执政不得其人。
御史台又找到了痛斥“新进”的《和韵答黄庭坚二首》，抨击“生事”的《汤村开运河，雨中督役》诗。前者是与黄庭坚唱和的，后者寄赠好友王诜。
这些赠黄庭坚、王诜等人的诗文，一时成为轰动朝野的新闻，舒亶等人趁机痛打落水狗，请求副相王珪检举苏轼的《王复秀才所居双桧》诗，诗中云桧树：“根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。”
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王珪说苏东坡不认神宗飞龙在天，而求之地下蛰龙，是不臣之举。神宗倒也聪明，答：“诗人之词，安可如此论？彼自咏桧，何预朕事？”
对苏轼的指控，有的有些牵强，这咏桧诗就是一例。还有苏轼任密州太守期间作的《后杞菊赋》的序言里曾提到吃杞菊的苦种籽，御史认为作者是在直接讽刺全境百姓的贫穷，尤其指朝廷对官吏薪俸的微薄。
“生而盲者不识日”是讽刺科举考生的浅陋无知，讽刺考生不通儒学，只知道王安石在《三经新义》里对经书的注释。
苏轼对大部分指控，都坦白承认在诗中批评新政、批判小人的争权争位，这些无疑激怒了朝廷的大臣。在通宵审问巨大精神压力下，苏轼给弟弟写下了“与君世世为兄弟，再结来生未了因”的诀别诗。
十月十五日，御史台申报苏轼诗案的审理情况，其中辑集苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，计有司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。
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当时当朝多人为苏轼求情，王安石也劝神宗说：圣朝不宜诛名士。身患重病的太皇太后曹氏出面干预，同属于苏轼口中的“新进”章惇，也积极营救苏轼，并不惜与王珪翻脸。神宗下令从轻发落，苏轼终免一死，被贬往黄州充团练副使，但不准擅离该地区，并无权签署公文。
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