「」新冠最早测序者：去年12月前病毒或已在“隐秘传播”中突变( 二 )
如果不通过大规模的血清学调查 ， 这些不确定性可能都无法解决 ， 但当前数据很明显 ， COVID-19的病死率显著高于季节性流感 ， 不过也低于两个密切相关的冠状病毒：2002年-2003年的SARS-CoV ， 以及自2015年以来一直存在（主要集中在阿拉伯半岛）的MERS-CoV 。
然而 ， 也有证据表明 ， 新冠病毒比SARS-CoV和MERS-CoV更具传染性 ， 个体在无症状或处于有症状前的潜伏期即可传播病毒 。
最早的基因组序列数据清楚地表明 ， 新冠病毒是β冠状病毒属成员 ， 属于其中一个亚属Sarbecovirus属 。 初步分析显示 ， 新冠病毒与SARS-CoV在核苷酸水平上的相似度为79% 。 不过 ， 新冠病毒和SARS-CoV在刺突蛋白（S蛋白 ， 与宿主细胞受体相互作用的关键表面糖蛋白）上仅表现出72%的核苷酸序列相似性 。
作者们提到 ， 2013年在中国云南采集的中华菊头蝠样本RaTG13和新冠病毒在核苷酸序列水平上相似性为96% 。 尽管存在这种序列相似性 ， 但新冠病毒和RaTG13在许多关键的基因组特征上存在差异 ， 其中最重要的一点是 ， 新冠病毒包含了S蛋白S1和S2亚基交界处的一个多碱基（furin）酶切位点插入（PRRA残基） 。
这种插入可能增加病毒的传染性 ， 但在其他相关的β冠状病毒并不存在 。 类似的多碱基插入在其他人类冠状病毒中存在 ， 包括HCoV-HKU1 ， 以及在禽流感病毒的高致病性毒株中也存在 。
此外 ， 新冠病毒和RaTG13的受体结合域（RBD）也只有85%的相似性 ， 并且在6个关键氨基酸残基中只有一个是相同的 。 序列和结构的比较表明 ， 新冠病毒的RBD非常适合与人类ACE2受体结合 ， SARS-CoV也利用了该受体 。
值得注意的是 ， 由霍尔姆斯参与的另一项最近发表在预印本网站bioRxiv上的研究显示 ， 中国科学院西双版纳热带植物园去年在云南的马来菊头蝠中采集到的粪便样本中新发现了一种蝙蝠冠状病毒（RmYN02） 。 RmYN02中也观察到S1/S2裂解位点PAA氨基酸的独立插入 。
作者们认为 ， 这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化 。 虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异（序列相似性大约72%） ， 但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近（核苷酸序列相似性大约97%） 。
张永振等人表示 ， 虽然SARS-CoV和MERS-CoV都与新冠病毒密切相关 ， 并且都有蝙蝠宿主 ， 但是这些病毒之间的生物学差异是惊人的 。 “如上所述 ， 新冠病毒的传染性明显更强 ， 导致它与SARS-CoV和MERS-CoV的流行病学动态非常不同 。 ”
在SARS-CoV和MERS-CoV两种病毒中 ， 病例数相对缓慢上升 ， MERS-CoV至今还没有能够完全适应在人类中传播：大多数病例都是由于病毒来源于阿拉伯半岛上的骆驼 ， 并只有零星的人际传播 。 “相比之下 ， 新冠病毒在当地和全球范围内的显著传播却让人大吃一惊 。 确定支持这种传播性的病毒学特征显然是一个优先事项 。 ”
武汉华南海鲜市场的起源不确定性：几年前探访过市场
此前的观察显示 ， 第一批报告的COVID-19病例和武汉的华南海鲜野生动物市场有关联 。 值得一提的是 ， 张永振、霍尔姆斯等人曾在2014年亲身探访过该市场 ， 霍尔姆斯提供的一张照片显示 ， 当时该市场即出售野生动物 。
文章图片
该照片由Edward C. Holmes提供 ， 拍摄于2014年10月 ， 当时两位作者一起参观了市场 。
他们在文章中提到 ， 在此次疫情暴发的时候那里仍然可以买到多种哺乳动物 。 然而 ， 由于并非所有的早期案例都与市场有关 ， 新冠病毒出现的故事可能比最初推测的更为复杂 。
中国疾控中心此前获得了来自该市场“环境样本”（比如物体表面）的基因组序列 。 系统发育分析表明 ， 它们与从武汉最早的病人身上采集的病毒密切相关 。
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