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水貂|荷兰16个水貂养殖场新冠研究：人畜双向传播，未系统性突变( 二 )


16个SARS-CoV-2阳性水貂养殖场的所有者和雇员被纳入了接触者追踪调查 ， 并进行了检测 。 从4月23日 ， 即第一个荷兰水貂养殖场的动物疫情被发现开始 ， 截至6月26日 ， 研究团队共记录了16个水貂养殖场的数据 ， 统计了超过72万只水貂和97位相关人员的数据 。
水貂|荷兰16个水貂养殖场新冠研究：人畜双向传播，未系统性突变
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结果显示 ， 在97名接受检测的相关人员中 ， 88个上呼吸道样本中有43个（49%）经RT-PCR检测为阳性 ， 75个（51%）血清样本中有38个（51%）检测为SARS-CoV-2特异性抗体阳性 。 总的来说 ， 97人中有66人(68%)有SARS-CoV-2感染的证据 。
人可传染至水貂 ， 水貂也可传染到人
研究调查表明 ， 最早出现疫情的养殖场中 ， 人身上更早出现了症状 。
水貂|荷兰16个水貂养殖场新冠研究：人畜双向传播，未系统性突变
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在4月28日的询问中 ， NB1养殖场的5名员工中有4人报告说 ， 在水貂中发现疫情前 ， 他们曾出现呼吸系统症状 ， 但没有人接受过SARS-CoV-2检测 。 他们最早出现症状的时间是从4月1日到5月9日 。 对4月28日取样的16只水貂和5月4日取样的一名员工 ， 研究团队获得了全基因组测序结果 (hCov-19/Netherlands/NoordBrabant_177/2020) 。 研究团队指出 ， 虽然两者有7个核苷酸的差异 ， 但水貂和员工的病毒来源相同 。
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同样 ， 在NB2养殖场中 ， SARS-CoV-2在4月25日被检测出来 。 回顾性分析显示 ， NB2 1名员工在3月31日因SARS-CoV-2住院 。 4月30日从8名员工身上采集的所有样本经RT-PCR检测均为阴性 ， 但SARS-CoV-2抗体检测呈阳性 。 从水貂身上获得的病毒序列与NB1养殖场的不同 ， 表明是单独引入的 。
也有养殖场显示 ， 人感染新冠病毒的时间晚于水貂 ， 这也意味着水貂感染了人 。 NB3养殖场在5月7日检测出SARS-CoV-2感染 ， 其最初所有7名员工的SARS-CoV-2检测结果均为阴性 ， 但在出现与COVID-19相关症状后于5月19日和5月26日进行的重新检测显示 ， 在养殖场工作或生活的7名员工中有5人的SARS-CoV-2 RNA检测呈阳性 。
研究团队从这5名员工中获得全基因组测序 ， 将这些序列与NB3养殖场中水貂提取的序列进行聚类分析 ， 并结合最初的阴性检测结果和症状开始时间 ， 表明该养殖场的水貂感染SARS-CoV-2后 ， 员工随后感染了SARS-CoV-2 。
研究团队通过接触追踪发现了另外一例感染：一名没有去过养殖场的员工密接者感染了在农场NB3中发现的SARS-CoV-2毒株 。 来自NB3养殖场的水貂和人病毒序列与来自NB1养殖场的序列很接近 ， 都落在A簇中 。
同样 ， 在NB7养殖场中也可能发生了水貂向人类的人畜共患传播 。 5月31日 ， 该农场在水貂身上发现了SARS-CoV-2感染 ， 最初对员工的SARS-CoV-2检测呈阴性 ， 然而随后几名员工开始出现症状 。 在6月10日至7月1日期间 ， 研究人员采集了10名员工的样本 ， 其中8人检测显示SARS-CoV-2 RNA呈阳性 。 研究团队获得的2名NB7养殖场员工的全基因测序显示 ， 他们的病毒序列与来自这个农场的水貂的序列属于同一簇 。
研究团队将从水貂养殖场和员工那里得到的序列与全国约1775份WGS数据库进行了比较 。 为了区分社区获得性感染和水貂养殖场相关SARS-CoV-2感染 ， 并确定生活在水貂养殖场附近居民的潜在风险 ， 研究团队还获得了和前4个暴发疫情水貂养殖场四位邮政编码相同区域的新冠感染者的全基因组测序 ， 采样时间在3030年3月4日至4月29日 。
这些本地序列显示和水貂养殖场的序列簇并不相关 。 研究团队认为 ， 这表明水貂养殖场的病毒没有溢出到附近居住的人群中 。
鉴于很对水貂养殖场的员工是来自波兰的季节性移民 ， 研究团队还将水貂养殖场调查的序列与来自波兰的序列进行了比较（n= 65） ， 但这些序列更加不同 。
病毒序列分为5个不同簇 ， 病毒在水貂种群中进化速度更快
研究还通过水貂SARS-CoV-2基因组的系统发育分析表明 ， 16个养殖场的水貂序列分为5个不同簇 。 来自养殖场NB1、NB3、NB4、NB8、NB12、NB13和NB16的病毒属于簇A ， 养殖场NB2的序列形成了一个独特的簇B ， 来自养殖场NB6、NB7、NB9和NB14的病毒形成簇C ， 养殖场NB5、NB8、NB10和NB15的病毒形成簇D ， 养殖场NB11的序列被认为形成簇E ， 养殖场NB8的病毒显示来自簇A和簇D 。
水貂|荷兰16个水貂养殖场新冠研究：人畜双向传播，未系统性突变
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从7个不同的水貂养殖场的员工或密切接触者处总共获得的18个序列还显示 ， 在大多数情况下 ， 这些人的基因序列与同一农场的水貂基因序列几乎相同 。 但养殖场NB1的情况不同 ， 人的序列与最近相关的水貂序列有7个核苷酸差异 。 养殖场NB14的情况也是如此 ， 与最近相关的水貂序列有4个核苷酸差异 。 在养殖场NB8的员工中的样本与NB12的动物聚集在一起 ， 可能是因为这两个养殖场之间有人员交换 。
论文提到 ， 在水貂养殖场NB1-NB4报告了水貂存在呼吸系统症状和死亡率上升后 ， 即对它们进行了SARS-CoV-2检测 。 来自养殖场NB1的序列显示0-9个单核苷酸多态性(SNPs)差异（平均3.9个核苷酸） ， 而来自养殖场NB2的序列显示0-8个单核苷酸多态性差异（平均3.6个） ， 这比通常在人类暴发环境中观察到的要多 。


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