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水貂|荷兰16个水貂养殖场新冠研究：人畜双向传播，未系统性突变( 三 )


在最初检测出SARS-CoV-2后 ， 这些养殖场每周进行筛查 。 第一、第二、第五和第六周筛查都产生了新的阳性结果 。
论文指出 ， 与来自武汉的参考序列NC_045512.2比较 ， 水貂病毒序列中出现了若干非同义突变 。 然而 ， 在所有水貂样本中没有发现特定的氨基酸替代 。 值得注意的是 ， 簇A、簇C、簇E有614G位点变异 。
研究团队认为 ， 基于这一阶段的数据 ， 各簇水貂或人类的疾病表现并没有明显的差异 ， 但对养殖场NB16之后暴发疫情的养殖场中收集和分析的数据仍需进一步调查 。 “我们观察到在一般人群中也能看到类似的突变 ， 同样的突变也可以在与水貂养殖场有关的人病例中发现 。 ”
研究团队还指出 ， 一些水貂养殖场中观察到序列的高度多样性 ， 这可能是由于在发现死亡率上升之前 ， 水貂身上已发生了多代病毒感染 。 目前的估计是 ， SARS-CoV-2在人类群体中的碱基位点年替换率约为1.16*10^-3 ， 相当于每两周发生一个突变 。 这可能意味着病毒已经在水貂养殖场传播了一段时间 。 然而 ， 在一周前检测仍为阴性的养殖场中也观察到相对较高的序列多样性 ， 这暗示了病毒在水貂种群中的进化速度更快 。
研究团队分析 ， 水貂养殖场动物数量庞大 ， 生活密度高 ， 这可能促进病毒的传播 。 然而 ， 病毒引进的时间尚不清楚 ， 因此很难对水貂养殖场的替换率得出明确的结论 。
研究团队称：我们的测序没有显示任何需要评估潜在表型效应的系统性突变 。 据估计 ， 人类SARS-CoV-2的代际间隔约为4-5天 ， 但在动物数量和密度高的养殖场中 ， 高剂量暴露可能会缩短病毒代际间隔 。
（澎湃新闻采访人员 贺梨萍）
【水貂|荷兰16个水貂养殖场新冠研究：人畜双向传播，未系统性突变】【来源】澎湃新闻


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