猛料:无名英雄先于疾控系统发现武汉冠状病毒！( 二 )
（部分进化树截图）前端反馈这个患者病重 ， 着急要检测结果 ， 但是这么一个重大的病原体确实不可轻易报出 ， 中午跟几个领导紧急开了个会 ， 决定继续深入分析 ， 延迟发放报告 ， 同时分享数据给中国医学科院病原所一块分析 。后面从基因层面（orf1ab、S、N等基因）进行了深入分析 ， 并没有什么意义比较大的发现了 ， 主要还是检测到的序列数少 ， 覆盖率太低 ， 都是不完整的基因 ， 做不了什么 。
中午时已经提出了重测补数据进行分析 。 重测可以进行技术重复性验证 ， 避免一些未知因素的污染导致的假阳 ， 确保样本确实有该病原体 ， 另外可以有更多的数据进行分析 ， 如能组装出完整的基因组 ， 分析结果更可靠 ， 能做的深入分析也更多 。
第二天（2019.12.27）一早数据出来后 ， 赶紧进行了组装分析 ， 终于组装出了接近完整的基因组序列 。 数据同时也共享给了中国医学科学院病原所做其他深入分析 。 这次的序列数由之前的500多条升到了47万多条！
因为时间有限 ， 还有其他研发项目需要做 ， 就没有详细去对组装结果进行补gap获取完整基因组了 。 另外也已经分享数据给病原所了 ， 他们也会做这个 ， 所以就没有去组装出一条完整的基因组序了 ， 已有的组装结果能满足大部分分析需求了 。后面也继续做了一些深入的分析 。回帖序列分布均匀 ， 没有明显的偏好 ， 平均深度和中位深度基本一致 ， 深度达到了1000x ， 说明组装没啥问题 ， 测序也挺好 ， 未知病原体也是完整的基因组存在 。
重新构建了进化树 ， 这次选择了NCBI所有冠状病毒的参考株（以登录号以NC开头 ， 官方认为最可信的） ， 外加几株前一天分析最近源的株 。
进化树结果跟前一天的基本一致 。
基因组共线性分析、ORF注释等表明这个未知冠状病毒是典型的BetaCoV（orf1ab、S、M、N、E等基因） 。 共线性图里颜色较浅的是S蛋白区域 ， 是差异最大的基因 。
经过与WHO官网推荐的SARS 7条PCR验证靶标序列比对 ， 发现平均相似度也只有90%左右 ， 关键是引物序列也有几个变异 ， 推测SARS的检测试剂盒无法检测这个未知病原体（后面的很多地方的实验验证也是如此） 。此外还做了很多其他针对基因、蛋白等详细的深入分析 ， 不再赘述了 。分析至此已经基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个病毒 ， 但这个病毒与所有已知基因组信息的病毒都不太像 ， 可能是一种跟Bat SARS like coronavirus类似的新型病毒 。
（现在看回我当时的那句话 ， 真是一语成谶 ， 对不起全国人民了 ， 都怪我这个乌鸦嘴）这不一定是SARS ， 传染性、致病性都未知 ， 同时也意识到了问题潜在的严重性 ， 对实验室做了全面清理消毒 ， 样本无害化销毁 ， 实验操作相关人员进行了相关监测 。接下来就是怎么去报告的问题了 ， 直接报可能会吓着医生 ， 何况这可能是一个新发病毒 ， 报错了就是重大的事故 。 有一些必要的信息还是需要先进行排查的 。最先想到的当然是野生动物接触史 ， 当时得到的信息是这个病人回过老家 ， 不排除接触过蝙蝠 ， 或者被蝙蝠咬了都可能 。
也曾怀疑是不是哪里的人工病毒相关工作人员操作不慎误感染 ， 毕竟前段时间的布鲁菌集体感染就是因为某个工厂灭菌不彻底引发的 。
没有更多信息了 ， 还是要赶紧跟医生沟通这个事情 ， 毕竟我们能保证送检的样本里面就是有这个未知病毒 ， 其他事情就交给医生去调查处理了 。中午前已经跟医生沟通了 ， 患者也隔离了 。
因为没有掌握其他更多信息 ， 患者也隔离了 ， 这个病毒又不是真正的SARS ， 想着或者仅仅只是个野生的Bat SARS like ， 传染性未知 ， 所以紧张的心情也有些放松了 。 但因为患者病重 ， 也不容小觑 ， 仍然密切跟医院沟通中 。 期间也在继续做一些深入分析 。 27号、28号公司领导也在跟医院和疾控的人电话沟通这个事 ， 29号、30号还亲自去武汉跟医院、疾控中心的领导当面汇报交流这个事情 ， 包括所有我们的分析结果以及医学科学院病原所的分析结果 。 一切都在紧张、保密、严格的调查中（此时医院和疾控的人早已经知道有多名类似患者 ， 我们沟通了检测结果之后已经开始了应急处理 ， 但我不知道而已） 。本以为这个事情会很快过去 ， 毕竟除了这个患者 ， 好像也没有听到其他患者感染的消息 ， 但到12月30号的时候 ， 听到消息说类似症状的患者还有挺多个 ， 神经又一下子绷紧了 。 特别是 ， 大概是30号下午吧 ， 一个“友商”在另一个患者的样本里面可能也检测到了同一种病毒 ， 但他们直接发了检测到SARS冠状病毒的报告 ， 瞬间把消息给引爆了 。 晚间相关部门也发了“不明原因肺炎”的公告 ， 31号凌晨时相关流言也开始在微博上大肆传播 。真正让我再度紧张的是 ， 友商共享了序列给我们分析 ， 我分析一看 ， 确实就是同一种病毒！潜意识里的第一个想法就是“这病毒具有传染性”！可能还真是一种新型的SARS！30号深夜拿到友商的序列进行分析 。
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