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科技湃：霍普金斯大学疫情数据幕后：五人的核心团队完成大部分工作

一个心血来潮的念头如何成为全球瞩目的焦点 。 Nature自然科研微信公号4月18日消息 ， 2019年12月 ， 中国出现COVID-19 ， 原本正在研究令人忧心的麻疹疫情的董恩盛转而开始追踪这一新发的传染病 。 董恩盛是美国马里兰州约翰斯·霍普金斯大学土木与系统工程专业的一年级博士生 ， 重点研究方向是疾病流行病学 。 1月22日 ， 董恩盛与其导师LaurenGardner（霍普金斯大学系统科学与工程中心（CSSE）联合主任）一起发布了记录疫情扩散的线上“仪表盘”（dashboard） 。 这个疫情“仪表盘”和它的追踪对象一样 ， 很快便传开了 。 目前已是全球新闻网站和电视节目的常用参考 ， 用来追踪全球范围内的COVID-19确诊病例数、死亡病例数和治愈出院人数 。 现在 ， 这个董恩盛用了几小时就建立起来的网站的日点击量已超过10亿次 。 难得的实时机会Gardner团队研究的是群体的行为方式（比如流动性等因素）会如何影响疾病风险 。 他们通过构建数学模型 ， 预测可能会出现的疾病热点地区 。 她说 ， SARS-CoV-2引起的COVID-19突然在武汉暴发 ， 创造了一个“难得的构建新发传染病实时数据集的机会” 。 她的团队可以利用这类数据 ， 为可能的疾病传播构建更准确的数学模型 。 不过 ， 认识到其他研究人员也能从中获益 ， 团队决定让更多的人可以用上这些数据 。 “这可以算是一个心血来潮的念头 ， 当时说的是 ， 我们来构建一个数据集吧 ， 坚持做下去 ， 把它公开 。 再者 ， 让我们更进一步 ， 趁热打铁把它可视化 。 然后 ， 我们当天晚上就做好了这个仪表盘 。 ”Gardner说起初的目标受众是科研群体 ， 比如其他流行病学家和疾病建模师等 ， 但最后却引起了全世界的关注 。 这个数据集每天有超过10亿次互动——这个数字包括浏览仪表盘的人和挖掘底层数据的人 ， Gardner说 。 团队最初预计访问人数会在数百上千量级 ， “我想我们俩都没料到公众会有这么大的兴趣 。 ”董恩盛表示 ， 疫情仪表盘的构建很简单 ， 部分是因为他们团队先前已经构建过类似的东西 。 在COVID-19疫情暴发前 ， Gardner和董恩盛就在用ArcGIS寻找可能出现的麻疹热点地区 ， 并将建模结果可视化——ArcGIS是总部位于加州的易智瑞（Esri）推出的一个地理空间制图工具 。 这方面的经验让构建COVID-19疫情仪表盘的工作变得非常简单 。
科技湃：霍普金斯大学疫情数据幕后：五人的核心团队完成大部分工作
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董恩盛从模拟麻疹暴发转为模拟COVID-19暴发 。 本文图片Nature自然科研微信公号数据来自各式各样的渠道 ， 包括社交媒体、世卫组织、美国疾控中心、欧洲疾病预防控制中心、中国国家卫健委 ， 以及世界各地的其他媒体和卫生部门 。 研究人员对这些数据进行收集整合 ， 并在GitHub上发布 。 董恩盛说 ， 在那之后 ， 团队开始使用Esri的ArcGIS平台进行可视化渲染 。 最初 ， 这些数据都是靠手动收集和输入的 ， 一开始是董恩盛自己 ， 然后由一些学生全天候轮流更新 。 但随着疫情的扩散 ， 这种方式很快就难以为继 。 为此 ， 团队着力寻找能让流程自动化的方法 。 如今 ， 这个疫情仪表盘主要采用自动化网页抓取和数据聚合 ， 近乎实时更新 。 （由于疫情数据的更新非常及时 ， 实际上 ， 它通报的一些国家的最早病例常常早于当地卫生部门 。 ）底层数据集被储存在代码共享网站GitHub上 ， 被“标星”（点赞）近2万次 ， 有近1700条建议或错误报告提交 ， 并有超过350条数据修改建议（“pullrequest”） 。 根据谷歌学术的数据 ， 《柳叶刀-传染病》2月19日发表的一篇介绍该疫情仪表盘的论文已经被引用了79次 。 Gardner说 ， 要跟上每一条建议、问询和错误修复几乎是做不到的 。 “事情太多了 ， 如果我们有一百个人 ， 我们就能把反馈汇总起来做点什么 ， 那当然很好 ， 但可惜的是 ， 很多事我们都顾不上 。 ”尽管Gardner的三人团队——第三名成员是博士生杜鸿儒——已经发展成近24人的团队 ， 得到了来自CSSE其他学生、学校媒体与传播团队、约翰斯·霍普金斯应用物理实验室 ， 以及制图软件公司Esri的帮助 。 但五人的核心团队完成了其中大部分工作 。 “当疫情结束 ， 人们可以再次社交和旅行后 ， 我们所有人都该好好放个假 。 ”Gardner说 。 那么 ， 现在的她一天要工作多少时间？“全部的时间 。 ”她平静地说道 。


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