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肿瘤时间肺癌精准治疗的新靶标——MET 14 号外显子跳跃突变的检测


在所有非小细胞肺癌（NSCLC）中 ， MET 14 号外显子跳跃突变（exon 14 skipping ， exon14Δ）率为 3% ~ 4% ， 而在恶性程度高、预后极差的肺肉瘤样癌（pulmonary sarcomatoid carcinoma ， PSC）中 ， 其突变率更是高达 4.9% ~ 31.8%[1] 。 今年 ASCO 年会上 ， 报道了多项 MET 抑制剂在该突变阳性的 NSCLC 患者中的疗效与安全性研究结果 。
MET 14 号外显子跳跃突变可能是一种独立的致癌驱动基因
MET 14 号外显子编码的近膜结构域是 MET 的关键负性调控区 。 在一些患者体内 ， 在 MET 基因 14 号外显子上游端和下游端的剪接位点发生着多种影响剪接供体及受体位点的突变 ， 这些突变可能导致前 mRNA 的剪接过程中 14 号外显子随其两端的内含子一同被剪接致 MET 14 号外显子缺失 。 而这一负性调控区域缺失将导致 c-MET 蛋白泛素化和降解降低 ， 引起下游信号的持续激活（ 图 1） ， 最终成为致癌因子 ， 导致肿瘤发生 [2] 。
肿瘤时间肺癌精准治疗的新靶标——MET 14 号外显子跳跃突变的检测
本文插图
图 1. MET 14 号外显子跳跃突变的发生机制示意图 [2]
一些研究表明 ， MET 14 号外显子跳跃突变可能是一种独立的致癌驱动基因 ， 且这一突变也是一项独立的预后不良指标[2] 。 但是 ， 长期以来 ， MET 14 号外显子跳跃突变的检测率较低 ， CSCO 指南目前也暂无针对该突变的相关诊疗推荐 ， 国内很多具有这类突变、但其他常见驱动基因突变阴性的患者会被按照野生型进行治疗 ， 这类患者接受基因野生型治疗的效果非常有限 。 国内目前在研的针对 MET 基因的靶向药让他们看到了希望 ， 但急需精准、高效、便捷的检测方法对潜在的受益者进行筛选 。
精准检测 MET 14 号外显子跳跃突变存在诸多难点
对于 MET 14 号外显子跳跃突变的检测存在诸多挑战 。
【肿瘤时间肺癌精准治疗的新靶标——MET 14 号外显子跳跃突变的检测】●检出率差异大：目前不同研究报道的对此类突变检出率差异很大 ， 临床医生需要敏感可靠的检测方法；
●发生位置多样化：MET 14 号外显子跳跃突变的发生位置多样化 ， 可在 MET 14 号外显子与内含子间的交界处或位于其侧翼的内含子内（图 2）；
●具有分子多样性：包括不等长度的碱基对缺失、点突变和插入缺失突变等 。
因此 ， 检测 MET 14 号外显子跳跃突变需要特定的方法 。
肿瘤时间肺癌精准治疗的新靶标——MET 14 号外显子跳跃突变的检测
本文插图
图 2. MET 14 号外显子周围剪接位点的突变类型示意图
MET 14 号外显子跳跃突变的现有检测手段
现有的用于检测 MET 14 号外显子跳跃突变的方法主要包括 c-MET 免疫组化染色、实时定量逆转录 PCR 后测序、直接针对 DNA 的 Sanger 测序以及下一代测序（next-generation sequencing ， NGS ， 又称高通量测序） 。
其中 ， c-MET 免疫组化染色由于需要较多临床标本 ， 且其用于检测 MET 14 号外显子跳跃突变的特异度较低 ， 故临床较少应用；如今较常应用的 MET 14 号外显子跳跃突变检测手段主要有 Sanger 测序、RT-qPCR 法、以及基于 DNA 或 RNA 的 NGS 。
DNA 一代测序（Sanger 法）——特异性 100% ， 但假阴性率较高
1977 年 DNA 层面的直接 Sanger 测序就已问世 ， 其原理是首先对抽提的 DNA PCR 扩增得到 100 ng 左右的基因组 DNA ， 再对 PCR 产物使用每个正向或反向引物全面地对 14 号外显子及其附近序列进行测序 。 DNA Sanger 测序无假阳性结果（特异性 100%） ， 但假阴性率相对较高 ， 有研究发现由于 Sanger 测序本身的局限性 ， 在 14 号外显子区域发生大段缺失突变或 DNA 测序读长过短的患者中无法检测到 MET 14 号外显子跳跃突变 ， 而 NGS 则可探测到这类患者的突变 。 因此 ， 考虑到检测的敏感性 ， 需要更合适的检测这一突变的手段 。


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