《晋祠之铭并序》的主题思想是通过宗周政治制度和晋侯唐叔虞建古唐国的历史轨迹，表明了灭隋建唐的必然性，合理性及合法性，以达到宣扬唐朝之文治武功，努力去巩固政权之目的。
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唐太宗李世民在序文中用160个字总结了周王朝国祚长久，以仁义之师，道德之师治国为主，以分封世袭禄位为辅，从武王建国到赧王灭国历经37代，国祚791年，是中国古代历史上享国最长的一个王朝。
首先，唐太宗李世民在文章中开篇就将周王朝国祚长久的根本原因归纳为：“资？亲以作辅，分圭赐社，实茂德之汐居。”他认为之所以周朝执行了分封世袭制度，才使得周朝国运绵长。
其次，唐太宗李世民认为周朝国运长久的根本原因是实行了周公制定的“敬德保民”的政治纲领。在序文中唐太宗李世民提出“经仁纬义，履顺居贞”的观点，他强调在治理国家的过程中，要给老百姓物质利益，要让老百姓有“活头”，依法治国与以仁治国方略要相互结合，当政者行为做事要遵守道德，谨慎小心，要求老百姓做到的自己必须做到表率以儆效尤，“顺”即解释为小心谨慎的“慎”。
唐太宗李世民在文章中强调了周王朝分封世袭制度，这也是唐太宗执政期间的一贯主张，他的分封思想从他登基的那一天起就已经产生。根据《资治通鉴》记载：“唐太宗以国运长久与分封世袭制度等问题邀请一批重要大臣进行讨论，以魏征为主的部分大臣持坚决反对态度，但是支持该观点的人还是大多数，因此唐太宗在贞观七年正月正式颁布旨意，加封、分封异母兄弟和自己的儿子为某某王爷或爵位，而无封地，直到贞观十三年再次颁旨，宗室群臣袭封刺史，进一步完善了分封世袭制度。”这样的只有爵位，而没有实际封地的做法历史上堪称一绝！”形成“籓镇割据”的基础是有了自己的地盘，而没有地盘“籓镇割据”就没有了基础。
唐太宗李世民分封不仅限于宗室子弟，也包括元老功臣比如说长孙无己、萧楀、李绩、马周等七大功臣都在分封之列。但长孙无己、马周深知位高权重，即使小心谨慎也难免树敌而招来杀身之祸，也始终反对分封世袭制度，唐太宗李世民素以“从谏如流”而称世，所以这场旷日已久的争论最终以皇帝“诏停让步”而结束。
唐太宗李世民所执行的分封世袭制度是以唐朝国祚长久为出发点，他认为周王朝以血缘关系为基础的世袭分封制度是国祚长久的根本，是维系周王朝近八百年统治以及君臣关系的纽带，另一方面唐太宗却忽略了周王朝后期王室式微，诸侯割据，政局混乱，政令不出宫门的悲剧。这就是“尾大不掉”成语的典故。
分封世袭制度虽然诏停，但是唐太宗作为一个政治家，未达到国祚长久的政治目的，他希望通过分封世袭制度来，一，可以安抚那些有功之臣。二，可以让他们死心塌地去捍卫国家。三，可以给国家带来长治久安的局面。这样“一举三得”事情谁不愿意做呢？为此，唐太宗李世民在《晋祠之铭并序》文中将分封世袭制度做了深刻阐述：“走兴邦建国，资？亲以作辅，分圭赐社，实茂德之攸居”。唐太宗李世民以周朝的成功经验为例，概括了周朝首先以分封得益于血缘关系为传统纽带，其次得益于以周礼为核心的道德教化体系。足见唐太宗李世民为巩固大唐的江山社稷长治久安的殚精竭虑。唐太宗所执行的分封世袭制度虽然没有持续多久，却成为唐中后期籓镇割据的诱发因素，因为单封爵位，而没有封地的做法被后人窜改，也为“安史之乱”埋下了隐患。“尾大不掉”的历史经验教训没有引起唐高宗等人的足够重视。关键的问题是中央的高度集中权力受到威胁，令行禁止形同虚设，加速李唐王朝从举世瞩目的大唐盛世逐步走向衰败，进而导致唐王朝走向灭亡之路。
《晋祠之铭并序》见证了唐太宗李世民为江山社稷励精图治，呕心沥血，通过自己不懈努力开创了“贞观之治”之经济繁荣，“四夷宾服，万邦来朝”之大好局面。同时也告诫后人，一代明君专注于分封世袭制度所形成的“籓镇割据“隐患的历史教训。
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