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其三，明清之际反道统反专制的哲学思想。在明末清初社会的急剧变动中，全国知识界形成了一股批判现实社会的强劲学术思潮，产生了一大批思想家。清初思想家以顾炎武、黄宗羲、王夫之为代表，在四川则有费密和唐甄。费密在哲学上批判宋明理学所谓“存天理，灭人欲”的禁欲主义，反对空谈道德。唐甄是清初激烈批判君主专制的健将，与黄宗羲齐名，梁启超给予其极高评价。
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其四，近代变易哲学。鸦片战争后，在救亡图存、复兴中华的社会思潮下，学术界涌现出一批强调变易哲学的学者，其中最知名的是四川井研人廖平。廖平的托古改制思想为康有为吸取，而作《新学伪经考》《孔子改制考》，以此作为维新变法的理论基础。张之洞称康有为是廖平的嫡传弟子，而梁启超是再传弟子。廖平经学二变对于维新思想体系的建立卓有贡献，并开创了近世古史辨伪的先河。
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科技文明 “天数在蜀”
在天文历算、工程技术、医学药学等领域都有许多非凡的发明创造，为中华文明和世界文明做出了卓越贡献。
科技方面，巴蜀取得了多方面成就，是中华科技文明的瑰宝。都江堰水利工程技术、盐井钻井技术、蜀锦和蜀茶、天然气的发现和使用、天文学、数学、医药学均有巨大成就。
历史记载中，中国最早的盐井开凿于巴蜀。据《华阳国志·蜀志》记载，李冰为蜀守时，“穿广都盐井”，首创了开凿盐井取卤制盐的工业。1835年（清道光十五年）自贡钻出1001.42米的燊海井，是当时世界上第一口超千米的深井。与同时期的西方相比，燊海井的技术走在了世界前列。
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四川是中国丝绸的主要起源地之一。早在公元前2000年代中晚期，四川的丝绸织造已达到成熟水平，到战国秦汉时期更是取得高度发展，称为“蜀锦”。蜀锦名列中国四大名锦之首。四川是中国茶叶栽培的发源地，公元前316年秦并巴蜀以后，茶叶栽培和饮茶习俗才传播到中国各地，以后又向国外传播。
巴蜀是史籍所载中国最早发现和使用天然气的地区。至迟在西汉，巴蜀地区就已经发现并使用天然气。扬雄《蜀都赋》、左思《蜀都赋》、张华《博物志》、常璩《华阳国志》等文献均记载了临邛（今邛崃）取用“火井”即天然气的情况，为中国天然气的发现和使用历史留下了宝贵的资料。
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历史文献说“天数在蜀”，盛赞巴蜀天文学成果丰富，天文学家众多。文献记载的巴蜀天文学家及其贡献主要有：落下闳参与的《太初历》，是我国历史上第一部较完整、成系统的历法，也是当时世界上最先进的历法，在天文学史上具有划时代的意义。《太初历》首次记录了五星运行的周期。比古罗马《儒略历》早了58年。《太初历》首次使用落下闳首创的连分数推算历法，较之西方早1600多年。落下闳在创制《太初历》的过程中，为了观测天体，还造浑天仪，又作天球仪，对中国天文历法学的发展作出了重要贡献。此外还有扬雄、唐代巴蜀杰出的制造家梁令瓒、宋代的天文学家张思训，以及在天文绘图方面的隆庆府普城(今四川剑阁)人黄裳。黄裳于1010年绘制的《天文图》，是现已发现的最准确的古星图，受到世界科学家的高度重视，已被译成英、法、德、俄、日等国文字。
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