华南海鲜市场不是病毒源头!最新研究( 五 )
图 | 新型冠状病毒单倍型的样品采集时间情况 。 红色圈的样品是确认与华南海鲜市场有关;蓝色圈的样本确认与海鲜市场无关(来源:郁文彬)
华中农业大学一位匿名教授评价说 , 这是一项基于现有新型冠状病毒基因组序列的研究 。 理论上根据其变异的情况 , 是能够溯源各个样本之间的关系 , 到底是父子关系还是兄弟姐妹关系 , 到底复制了多少代 。 那么就可以最终追溯出最早的新冠病毒从哪里来 。 当然这里有一个假设是病毒是从动物传播到人 。
在华南海鲜市场之外发现单倍型 H3 也就意味着 , H3 携带者传染了去华南海鲜市场的人 , 结果将人流拥挤的华南海鲜市场变成了病毒传播爆发点 。
他认为 , 溯源很重要 , 这个研究是通过大数据分析的 , 非常有意义 。 最核心的调查是最早感染新冠病毒的那几个人 , 这尤其需要医院配合 , 但是医院可能现在没心思、没精力来做这件事 , 那些医生可能也没有进化基因组学的背景 , 所以他们也可能没有认识到这件事的价值 。
他说 , 至于这个最原始的携带者 , 也就是“零号病人” , 可能是接触蝙蝠的人 。 理论上还是能够追溯的 , 即使零号病人已经去世 , 在某个医院应该还保留了他的血液样本 。
郁文彬认为 , 最原始的单倍型不太可能存在现在的患者身上 , 因为病毒的变异太快 。 他们现在能拿到的数据已经是最早是 12 月 24 日 , 因为没有早期的样本就很难去溯源 , “我们猜测国内医院可能没有保存早期患者的组织材料 , 当然我们非常希望有早期的样品存在” 。
郁文彬表示 , 这个研究有个不足 , 那就是 93 个样本中 , 武汉样本主要是早期的 , 如果有更多武汉样本进行基因组测序的话 , 可能在溯源方面可以找到更多的证据 , 比如说找到 H13 和 H38 单倍型 , 可能可以帮助找到病毒来源 。
一个好消息
郁文彬说 , 这项研究主旨是分析整个新冠病毒基因组的变异情况 , 以及弄清楚新冠病毒传播式样 , 基于传播和扩散的分析 , 为寻找病毒来源提供基因上的证据 。
研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件 , 93 个基因组之间有 120 核苷酸发生了突变(0.41% 序列长度) , 并均匀分散在 10 个编码区 。 120 个突变的核苷酸关联了 119 个氨基酸密码子 , 其中 79 个密码子(65.83%)改变了氨基酸类型 , 并有 42 个(53.17%)氨基酸理化性质都被改变 。
“新冠病毒基因组尚未发生重组事件”的结论是一个好消息 , 也就是说不会产生新的全新的病毒毒株 。
研究的另一个结论是 , 新冠病毒在 2 月 12 日之前发生过 2 次明显的种群扩张 。
根据新型冠状病毒基因组发生重组时间推算 , 1 月之前的种群扩张发生时间是 12 月 8 日 , 那么病毒可能在 12 月初 , 甚至 11 月下旬即已经开始有人际传播 , 随后在华南海鲜市场加快了人际传播 。
研究推算 2 月份之前的种群扩张时间在 1 月 6 日 , 这个可能与元旦假期有关联 。 需要指出 , 此时国家疾控中心发布了 2 级应急响应 。
华南海鲜市场不是病毒源头!最新研究。研究团队认为 , 当时的预警起到了一些警示作用 , 公众活动和出行都有所减少 。 如果当时的警示能引起大众更广泛的重视 , 那么 1 月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所
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